MENU

DNA
Tag Archive

gynaecoloog-oncoloog Cor de Kroon van het LUMC (foto LUMC)

2309

Tien jaar succesvolle strijd tegen baarmoederhalskanker met azijn

News

november 8, 2016

 

gynaecoloog-oncoloog Cor de Kroon van het LUMC (foto LUMC)

gynaecoloog-oncoloog Cor de Kroon van het LUMC (foto LUMC)

 

 

De Female Cancer Foundation viert haar tienjarig bestaan. De stichting is opgericht door prof. Lex Peters, gynaecoloog in het Leids Universitair Medisch Centrum, en zet zich in voor een wereld zonder baarmoederhalskanker. De resultaten zijn overweldigend, al is er nog veel werk te doen.

 

Elke twee minuten overlijdt ergens ter wereld een vrouw aan baarmoederhalskanker. Dat kunnen we ons in Nederland nog maar moeilijk voorstellen, want door ‘het uitstrijkje’ is de ziekte de laatste decennia enorm teruggedrongen. Schrijnend genoeg wonen 85% van de vrouwen die overlijden aan baarmoederhalskanker in een ontwikkelingsland, zonder toegang tot goede zorg. Vaak zijn dit (jonge) moeders die de spil van het gezin vormen. Wanneer zij wegvallen heeft dit grote gevolgen voor hun familie en de lokale economie van het dorp waar zij wonen. Onnodig, aangezien dit met beperkte middelen te voorkomen is.

 

De Female Cancer Foundation (FCF) bestrijdt deze armoede-gerelateerde ziekte al tien jaar succesvol met een relatief eenvoudige methode. Lex Peters ontwikkelde een eenvoudig en goedkoop programma om dit te doen, See & Treat: screenen met azijn en preventief behandelen met bevriezing (stikstof).

 

Inmiddels zijn miljoenen vrouwen in Bangladesh, de arme regio’s van Indonesië en meerdere Afrikaanse landen voorgelicht, duizenden zijn gescreend en indien nodig direct preventief behandeld. FCF zet in op een structurele verandering van de zorg in ontwikkelingslanden. Dat doet ze door lokale gezondheidsmedewerkers op te leiden. Alleen zo kan de droom van de oprichter verwezenlijkt worden: een wereld zonder baarmoederhalskanker.

 

GeheugenvanNederland

Read article

JacquesvanDongen

1453

Kanker opsporen via de ‘vuilniswagens’ van het afweersysteem

News

april 19, 2016

T-cellen-vallen-kankercel-aan. Bron: doktermedia.nl

T-cellen-vallen-kankercel-aan. Bron: doktermedia.nl

Het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) heeft een nieuwe toponderzoeker aangesteld. Prof. Jacques J.M. van Dongen verhuist met zijn onderzoeksgroep van het Erasmus MC naar het LUMC. Hier gaat hij met steun van de Raad van Bestuur een Immuunmonitoring Platform opzetten en coördineren. De nieuwe Leidse hoogleraar ontvangt bovendien een Europese ERC Advanced Grant van 2,5 miljoen euro voor zijn onderzoek naar het aantonen van kanker via afweercellen in het bloed.

Van Dongen is expert op het gebied van immuunmonitoring: het nauwkeurig observeren van het afweersysteem door te kijken naar de verschillende afweercellen die circuleren in het bloed. Dit is onder meer van belang bij patiënten die therapie krijgen die het afweersysteem onderdrukt, zoals een beenmergtransplantatie of prednison. “Daarnaast is de laatste tien jaar veel vooruitgang geboekt met targeted therapy, waarbij een beperkter deel van het afweersysteem wordt onderdrukt”, vertelt Van Dongen. “Dat zorgt voor minder bijwerkingen en een betere kwaliteit van leven. Maar ook bij targeted therapy raakt het immuunsysteem beschadigd of gewijzigd. Met immuunmonitoring kun je onderzoeken hoe groot die wijzigingen zijn, of ze kunnen herstellen en hoe lang dat duurt.” Zo kan het afweersysteem door therapie een deel van zijn ‘geheugen’ kwijtraken. “Wij onderzoeken hoe we het afweersysteem kunnen begeleiden om weer te herstellen – bijvoorbeeld met vaccinaties.”

ERC Advanced Grant

Daarnaast gaat Van Dongen onderzoek doen naar een nieuw concept om kanker aan te tonen. Hiervoor ontving hij van de Europese Commissie een ERC Advanced Grant van 2,5 miljoen euro. “Zo’n grant is bedoeld voor innovatief onderzoek waarvan de uitkomsten relatief onzeker zijn, maar dat bij succes een grote impact zal hebben – high risk, high gain dus.” Van Dongen hoopt de aanwezigheid van kanker in het lichaam af te kunnen lezen uit bepaalde afweercellen in het bloed. Het gaat om macrofagen: de ‘vuilniswagens’ die in het weefsel dode cellen opruimen en hun afval vervoeren via de bloedbaan. “Heel simpel gezegd willen wij de vuilniszakken openen en kijken of er sporen van kankercellen in zitten. Zo ja, dan willen we ook nog het adres aflezen: zit die kanker in de darmen, in de hersenen of in de longen?” Als alles lukt, dan kan deze nieuwe onderzoekstechniek kanker in een zeer vroeg stadium aantonen, zonder dat de patiënt daarvoor scans of weefselbiopten hoeft te ondergaan. Een bloedprikje volstaat. De techniek zou ook inzetbaar kunnen zijn voor het monitoren van patiënten die succesvol behandeld lijken, maar bij wie mogelijk toch uitzaaiingen zijn ontstaan.

verder lezen? http://www.kanker.be/nieuws/immuun-tegen-kanker-artikel-over-immuuntherapie-de-morgen-02-jun-2015

Read article

All the movies, images, emails and other digital data from more than 600 basic smartphones (10,000 gigabytes) can be stored in the faint pink smear of DNA at the end of this test tube.Tara Brown Photography/ University of Washington

2511

supergeheugen in DNA

News, Publications

april 16, 2016

The Molecular Information Systems Lab research team: Front (left to right): Bichlien Nguyen, Lee Organick, Hsing-Yeh Parker, Siena Dumas Ang, Chris Takahashi. Back (left to right): James Bornholt, Yuan-Jyue Chen, Georg Seelig, Randolph Lopez, Luis Ceze, Karin Strauss. Not pictured: Doug Carmean, Rob Carlson, Krittika d’Silva. Credit: Tara Brown Photography/University of WashingtonTara Brown Photography/University of Washington

The Molecular Information Systems Lab research team: Front (left to right): Bichlien Nguyen, Lee Organick, Hsing-Yeh Parker, Siena Dumas Ang, Chris Takahashi. Back (left to right): James Bornholt, Yuan-Jyue Chen, Georg Seelig, Randolph Lopez, Luis Ceze, Karin Strauss. Not pictured: Doug Carmean, Rob Carlson, Krittika d’Silva. Credit: Tara Brown Photography/University of WashingtonTara Brown Photography/University of Washington

Technologie bedrijven bouwen voortdurend enorme datacenters om al onze babyfoto’s, financiële transacties, grappige kat video’s en e-mailberichten op te slaan. Maar met een nieuwe techniek ontwikkeld door de Universiteit van Washington en Microsoft onderzoekers kan de ruimte die nu nog nodig is voor een datacentrum ter grootte van een flinke supermarkt krimpen tot het formaat van een suikerklontje.

In een presentatie tijdens de ACM International Conference over ondersteuning van programmeertalen en besturingssystemen, heeft het team van informatici en elektrotechnici gedetailleerd uiteengezet hoe één van de eerste complete systemen werkt voor het coderen, opslaan en ophalen van data met behulp van DNA-moleculen. Dat gaat dan miljoenen malen compacter dan met de huidige chiptechnologie.

All the movies, images, emails and other digital data from more than 600 basic smartphones (10,000 gigabytes) can be stored in the faint pink smear of DNA at the end of this test tube.Tara Brown Photography/ University of Washington

All the movies, images, emails and other digital data from more than 600 basic smartphones (10,000 gigabytes) can be stored in the faint pink smear of DNA at the end of this test tube.Tara Brown Photography/ University of Washington

 

Auteurs van het artikel zijn James Bornholt (promovendus in de computerwetenschap), Randolph Lopez (promovendus in bioengineering), Luis Ceze, (universitair hoofddocent informatica en techniek), Georg Seelig (universitair hoofddocent elektrotechniek en informatica en engineering) en Microsoft onderzoekers Doug Carmean en Karin Strauss.

In een bepaald experiment codeerde het team met succes digitale gegevens van vier beeldbestanden in de nucleotidesequenties van synthetische DNA-fragmenten. Nog belangrijker, ze waren ook in staat om dat proces om te keren – het ophalen van de juiste sequenties uit een grotere pool van DNA en de beelden te reconstrueren zonder verlies van een enkele byte aan informatie. Het team heeft ook gegevens weggeschreven en weer opgehaald die gearchiveerde videobestanden verifieert van het project Stemmen van het Rwanda-tribunaal, dat interviews bevat met rechters, advocaten en ander personeel van de Rwandese oorlogsmisdaad-tribunaal.

‘DNA slaat de informatie op die nodig is voor een levend organisme op een doelmatige en duurzame manier op’, stelt co-auteur Luis Ceze. ‘We geven deze opslagcapaciteit in wezen een herbestemming om digitale gegevens op te slaan – foto’s, video’s, documenten – op een beheersbare manier voor honderden of duizenden jaren.’

 

Schermafbeelding 2016-04-16 om 14.12.19

Lee Organick, a UW computer science and engineering research scientist, mixes DNA samples for storage. Each tube contains a digital file, which might be a picture of a cat or a Tchaikovsky symphony.Tara Brown Photography/ University of Washington

 

 

De omvang van het digitale universum – alle computerbestanden ter wereld – doorbreekt naar verwachting in 2020 de grens van 44 x 10 tot de twaalfde macht gigabytes. Dat is een vertienvoudiging ten opzichte van 2013, en dat is evenveel data als er nu passen in zes stapels tablets even hoog als de afstand van de aarde naar de maan. Hoewel alle informatie niet hoeft te worden bewaard, neemt de productie van gegevens sneller toe dan de opslagcapaciteit. Flash drives, harde schijven, magnetische en optische media – DNA-moleculen kunnen gegevens vele miljoenen malen dichter opeenpakken dan deze technologieën voor digitale opslag. Deze media gaan ook kapot na enkele jaren of decennia, terwijl DNA informatie eeuwen kan behouden.

DNA is beter geschikt voor archivering dan voor directe benadering van data.De onderzoekers ontwikkelden een nieuwe benadering om de lange reeksen enen en nullen in digitale gegevens om te zetten in de vier DNA-bouwstenen – adenine, guanine, cytosine en thymine.’Hoe ga je vanuit enen en nullen naar As, Gs, Cs en Ts is werkelijk van belang, want als je het slim aanpakt, kun je deze zeer compact maken zonder dat je veel fouten krijgt’, stelt co-auteur Georg Seelig. ‘Als je het verkeerd aanpakt, krijg je juist veel fouten.’ De data wordt in stukjes gehakt en opgeslagen door het synthetiseren van een enorm aantal kleine DNA-moleculen, gedehydreerd of verduurzaamd voor langdurige opslag.De UW- en Microsoftonderzoekers hebben  ook  het random acces-vermogen aangetoond  – om de juiste sequenties te identificeren en op te halen uit deze grote verzameling van willekeurige DNA-moleculen, vergelijkbaar met het reconstrueren van een hoofdstuk van een boek  uit een bibliotheek van verscheurde boeken.

De onderzoekers hebben het vermogen van “random access” aangetoond – het vermogen dus om de juiste volgorde te bepalen om willekeurig gerangschikte DNA-moleculen, vergelijkbaar met het op volgorde leggen van losse pagina’s die uit een boek zijn gescheurd en door elkaar liggen.

Om op een later toegang te hebben tot de opgeslagen gegevens, coderen de onderzoekers ook wat je de postcodes en huisadressen in de DNA-sequenties kunt noemen. Dat gebeurt met behulp van Polymerase Chain Reaction (PCR) technieken – die vaak gebruikt worden in de moleculaire biologie. Die markeringen helpen hen gemakkelijker de postcodes ze zoeken te identificeren. Met behulp van DNA-sequencingtechniek, kunnen de onderzoekers vervolgens de gegevens uitlezen en terugvertalen naar een video-, afbeelding- of documentbestand door de data aan de hand van de straatadressen opnieuw te ordenen.

Momenteel is de grootste barrière voor levensvatbare DNA-opslag de kostprijs en efficiëntie waarmee DNA op grote schaal kan worden gesynthetiseerd (of bereid) en gesequenced (uitgelezen). Maar de onderzoekers zeggen dat er geen technische belemmering is.

Vooruitgang in de DNA-opslag vertrouwt op technieken uit de biotechnologie-industrie, maar ook op kennis uit de computertechnologie. De encodingaanpak van het team, bijvoorbeeld, is gebaseerd op de foutcorrectie die vaak wordt gebruikt in computergeheugen. ‘Dit is een voorbeeld waar we iets van de natuur lenen – DNA – om informatie op te slaan. Maar we gebruiken wat we kennen van computers – hoe je in het geheugen fouten corrigeert – passen dat toe in de natuur’, zegt Ceze. ‘Deze multidisciplinaire aanpak is wat dit project spannend maakt. We putten uit een verschillende disciplines om de grenzen van wat mogelijk is met DNA op te verleggen.’

‘En daarmee creëren we een opslagsysteem met een ongekende dichtheid en duurzaamheid’, zegt Karin Strauss

Het onderzoek is gefinancierd door Microsoft Research, de National Science Foundation, en de David Notkin Endowed Graduate Fellowship.

Voor meer informatie kunt u contact opnemen met Luis Ceze:luisceze@cs.washington.edu , Georg Seelig bij gseelig@u.washington.edu. of Karin Strauss: TNRPR@we-worldwide.com.

 

 

 

http://www.washington.edu/news/2016/04/07/uw-team-stores-digital-images-in-dna-and-retrieves-them-perfectly/

Read article

Cartoon, repareren DNA breuk

1532

Zo repareert een cel kapot DNA

News

februari 19, 2016

Cartoon, repareren DNA breuk

Reparatie van DNA-breuken verder ontrafeld 

LUMC-onderzoekers verschaffen nieuw inzicht in wat er komt kijken bij het repareren van een breuk in ons erfelijk materiaal (DNA). Als hierbij iets fout gaat, ligt kanker op de loer. 

Het DNA in al onze cellen raakt duizenden keren per dag beschadigd. Het is van levensbelang dat de cel die schade goed repareert. LUMC-onderzoekers ontrafelen nu weer een stukje van de DNA-reparatiepuzzel. Zij bestudeerden DNA-breuken, een van de ergste vormen van DNA-schade. Ze ontstaan bijvoorbeeld door ioniserende straling uit de ruimte waaraan we op aarde altijd blootstaan. We lopen een extra dosis op als we een vliegreis maken of een röntgenfoto laten maken. 

Reparatiemethode

Van een DNA-breuk is sprake wanneer één van onze 46 chromosomen (de eenheden waaruit ons erfelijk materiaal bestaat) uiteenvalt in twee delen. Die moeten weer zo netjes mogelijk aan elkaar gelijmd worden om het genetisch materiaal intact te houden, vertellen dr. Haico van Attikum en dr. Martijn Luijsterburg van de afdeling Humane Genetica van het LUMC.

De onderzoekers bestudeerden de methode die cellen het meest gebruiken om gebroken DNA te plakken, de zogenaamde niet-homologe end-joining. Ze beschrijven in het wetenschappelijke tijdschrift Molecular Cell welke moleculen daarbij betrokken zijn. Luijsterburg: “Als eerste komt PARP1, dat direct aan de uiteinden van de DNA-breuken bindt. Door deze binding verandert het als het ware in een wapperend vlaggetje, waardoor andere moleculen weten waar ze moeten zijn.”

Een molecuul dat op het vlaggetje afkomt is CHD2.“Dat zorgt ervoor dat het materiaal waarin het DNA verpakt zit, het chromatine, meer open komt te staan. Die extra ruimte hebben de reparatie-eiwitten nodig om hun werk te doen”, legt Van Attikum uit. Eerst wordt een van de belangrijke bouwstenen van chromatine, histon 3, ingewisseld voor een iets andere variant, histon 3.3.  Dan is de weg vrij voor de reparatie-eiwitten, die de breuk vaak zonder blijvende schade repareren.

Patiënten met mutaties

Nu ze het reparatieproces zo goed in beeld hebben, willen de onderzoekers uitzoeken wat er gebeurt in cellen waarin de DNA-reparatie hapert. “We hebben gezien dat cellen zonder CHD2 en histon 3.3 sneller dood gaan als ze DNA-schade oplopen”, vertelt Luijsterburg. “Maar we willen ook onderzoeken of ze zich eerder ontwikkelen tot kankercellen, omdat dan misschien vaker verkeerde uiteinden aan elkaar worden geplakt”, aldus Van Attikum. “Daarnaast zijn we geïnteresseerd in patiënten met mutaties in genen voor PARP1, CHD2 en histon 3.3 om de link met het ontstaan van ziektes beter te begrijpen. Mogelijk krijgen zij bijvoorbeeld al op jonge leeftijd kanker of problemen met het afweersysteem.”

Het artikel is op donderdag 18 februari verschenen in het prestigieuze tijdschrift Molecular Cell.

Read article